MCM-3 微生物応用AGM™試薬キット

特長

少ない必要サンプル量

　サンプルが少量であっても全ゲノム解析が可能なため、難培養性微生物の解析にも適用可能です。

高いゲノムカバー率

　かつてない高いゲノムカバー率でのDNA増幅が可能。シングルセルを微小中空カプセルへ包埋することで、
　増幅バイアスを極限まで抑えます。これにより、かつてない高いゲノムカバー率でのDNA増幅を実現します。

安価・簡便

　高価な専用機器は不要。既存のラボ設備ですぐに実験可能です。

AGMでのゲノムDNA増幅

個々のゲノム情報をシングルセル（単一細胞）レベルで詳細に解読する「シングルセル全ゲノム解析」は、「メタゲノム解析」との情報補完性の高さから注目されつつあります。微生物のシングルセル全ゲノム解析の実現は極めて困難ですが、その原因は、DNAの量が絶対的に少ないという事実にあります。ゲノム解析には必要な量までDNAを増幅させる必要がありますが、その際、ゲノムの部位による増幅率の偏りが生じるため、全ゲノム解析が困難になります。この増幅バイアス問題をなくし、ゲノムカバー率を100%に近づけることが、シングルセル全ゲノム解析における重要な課題です。シングルセル全ゲノム解析での増幅バイアスの発生を抑える方法としては、反応容積の微小化が有効であることが知られていますが、それを高いレベルで実現したのがAGM（アガロースゲル・マイクロカプセル）です。

大腸菌シングルセルからのMDA反応によるDNA増幅

AGMでのゲノムカバー率

MDA**によるDNA増幅におけるゲノムカバー率の比較結果〈大腸菌〉

AGMはピコリットルスケールの微小中空カプセルへシングルセルを包埋することで、増幅バイアスを極限まで抑制します。実際に従来法とAGMを比較検討した大腸菌の例では、90%以上のゲノムカバー率を実現。従来法が抱える課題を解決しています。

従来法	FACS**によりPCRプレートに細胞を単離後、MDA反応実施
AGM	AGMに細胞を包埋した状態でMDA反応実施

* FACS：蛍光活性化セルソーター。蛍光標識した細胞を流し、蛍光特性に基づき不均一なサンプル中から特定の細胞集団を容器へ振り分けることができる装置。
**MDA：Multiple Displacement Amplification。Phi29 DNAポリメラーゼとランダムプライマーを用い、相補鎖の置換反応が複数箇所連続して多重に起こる等温DNA増幅法。

シングルセル包埋技術比較

MEMS技術を応用したマイクロ容器や、マイクロ流路によるオイル中の微小液滴などの微小化技術では、充分なゲノムカバー率を確保できません。さらに、高価な専用機器が必要、手間がかかる、反応後のサンプル抽出が困難など、コスト、効率の両面で課題が明確でした。AGM™試薬キットは、高価な専用機器が不要です。生物系ラボにある一般的な理化学機器だけで、高いゲノムカバー率での解析実現をサポートします。

シングルセル包埋技術比較