簡単なカウントアプリケーションでも、小振幅ノイズとより振幅の大きい信号を区別することは重要です。そのために、どのタイミングディスクリミネータにも、ローレベルしきい値が用意されています。しきい値をおおまかに設定する方法は次のとおりです。まず分子イオン源をオフします。次に、ディスクリミネータ出力パルスのレートが突然増大するまで、しきい値を下げます。その後、その高いカウント率が殆どゼロになるまで、しきい値を上げ決定します。この調整を行うために、MCS-PCI-P型、レートメータやカウンタ/タイマ、タイムデジタイザなどを使用し、ディスクリミネータからの出力ロジックパルスをカウントします。 オシロスコープがあれば、出力カウントレートをモニタすることができます。
　
MCS-PCI-P型の入力には、必要なノイズディスクリミネータ機能が組み込まれているので、下図ダイヤグラムで表現されたカウントアプリケーションにおいては、別個のタイミングディスクリミネータは必要でありません。 また、9353P型タイムデジタイザは、スタートとストップ入力のためのノイズディスクリミネータが内蔵されています。最小のパルスペアの分解時間が、パルス振幅の立ち上がり／立下り時の無効時間(「Walk」）より重要な場合には、外部のタイミングディスクリミネータは不要になります。

最も軽い分子の飛行時間の固有の変化が、検出器パルスの立ち上がり時間に比べて大きくないアプリケーションに関し、最も良い時間/質量分解能を達成するためには、「Walk」を最小化するタイミングディスクリミネータが必要になります。「Walk」は下図のとおり、同じ立ち上がり時間で振幅が異なる2つ信号に対し簡単に説明します。 パルスの到着時刻は、パルスの先端スロープが固定されたディスクリミネータしきい値を横切るタイミングで決定されます。 明らかに、より大きな電圧振幅を持つパルスは、少ない振幅を持つパルスより早くしきい値横切ります。パルス振幅が減少する時に、到着時刻マーカが遅延するので、交差時間のこの差は一般に「Walk」と呼ばれています。 「Walk」はパルスの立ち上がり時間とほぼ等しい量、時間分解能に関与します。パルス振幅変化はランダムなので、「Walk」の影響は他のタイミング不確実性同様、個々のタイミング不確実性の二乗の総和の平方根で加えられます。